При ехінококозі нирки лікування, як правило, оперативне та органосохраняющее. При розташуванні кісти в одному із сегментів нирки можливе виконання резекції органу разом з паразитарної кістою, проте часто при великих розмірах кісти цю операцію буває призвести неможливо. Видалення паразитарної кісти разом з капсулою (енуклеація кісти) також не завжди може бути виконано, а, крім того, загрожує небезпекою профузного кровотечі з паренхіми.
При альвеолярному багатокамерному ехінококозі показана нефректомія.
