Факт зчеплення Іг-генів з МНС вимагав встановлення конкретного місця локалізації цих генів. Конгенно-рекомбінантні лінії мишей надали таку можливість. Принципові підходи до з'ясування цього питання найкраще проілюструвати на конкретному прикладі.
Лінія мишей з гаплотипом Н-2а добре відповідає на синтетичний антиген (H, G) -AL [(полігістідін, поліглутаміновая кислота) -поліаланін-полілізін]. У той же час конгенная лінія мишей з гаплотипом Н-2q характеризується низьким відповіддю. Рекомбінант Н-2у1 між двома цими лініями, який має тільки один загальний Н-2К-локус з Н-2q, розвиває сильну відповідь до аналізованого антигену. З цього випливає, що локус Н-2К не бере участі у контролі сили імунної відповіді. В іншому випадку рекомбінанти відповіли б по слабкому типу. У другій серії дослідів проведені дослідження з мишами, що мають гаплотип Н-2а, - сильними продуцентами і мишами з Н-2Ь - слабкими продуцентами антитіл до даного антигену. Рекомбінант H-2h4 між Н-2а і Н-2Ь, гаплотип якого включає локуси Н-2ка і I-Аа (1а-антиген) від лінії Н-2а, а всі інші - від Н-2Ь, характеризується сильною продукцією антитіл. Оскільки локус Н-2К не бере участі в контролі сили імунної відповіді, слід укласти, що 1г-ген для використаного антигену зчеплений з локусом I-А. Цей локус відповідає за синтез Іа-антигену. Ніяких інших продуктів, контрольованих даних локусом, досі не виявлено. З цих фактів було зроблено припущення, що фенотипическим продуктом Ir-генів є молекули II класу МНС (у мишей вони названі Іа-антигенами).
Найцікавіші новини